牙石自然脱落后留下的坑，通常是由于牙石长期刺激牙龈导致的牙槽骨吸收，在牙石去除后，会出现局部的凹陷。以下是一些可能的处理方法：
1.观察：如果坑的范围较小，且没有明显的症状，如出血、疼痛等，可以先观察一段时间，看是否会自行愈合。在此期间，需要保持良好的口腔卫生，定期洗牙。
2.洁治：如果坑的范围较小，且有牙结石或菌斑，可以通过洁治（洗牙）的方法去除刺激因素，促进牙槽骨的修复。
3.龈下刮治：如果坑的范围较大，或伴有牙龈红肿、出血等症状，可能需要进行龈下刮治，去除牙龈下的牙结石和菌斑，同时对牙龈进行局部的处理，如上药、冲洗等。
4.根面平整：如果牙槽骨吸收较严重，可能需要进行根面平整，去除牙根表面的感染和病变组织，促进牙槽骨的修复。
5.修复治疗：如果牙石自然脱落后留下的坑较大，影响美观，可以考虑进行修复治疗，如牙贴面、烤瓷牙等。
6.定期复查：无论采取何种治疗方法，都需要定期复查，观察牙槽骨的修复情况和口腔卫生状况，及时调整治疗方案。
需要注意的是，牙石自然脱落后留下的坑的处理方法需要根据具体情况而定，建议及时就医，由专业的口腔医生进行评估和治疗。同时，保持良好的口腔卫生习惯，定期洗牙，对于预防和治疗口腔疾病非常重要。