三个月宝宝晚上睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：
宝宝神经系统发育不完善：宝宝在浅睡眠状态时，可能会出现不自主的摇头、皱眉、咧嘴等表情，这是正常的生理现象，随着宝宝的生长发育，会逐渐消失。
宝宝头皮瘙痒：如果宝宝长时间没有洗头，头皮会瘙痒，从而导致摇头。家长可以给宝宝洗洗头，保持头皮清洁。
2.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增高，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。家长可以带宝宝去医院检查维生素D水平，如果缺乏，需要及时补充。
3.湿疹：宝宝头皮有湿疹，会出现瘙痒、疼痛等症状，也会导致摇头。家长可以观察宝宝的头皮是否有皮疹，如果有，需要及时治疗湿疹。
4.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、流脓等症状，也会导致摇头。家长可以观察宝宝的耳部是否有异常，如果有，需要及时就医。
总之，如果宝宝晚上睡觉老是摇头，同时伴有哭闹、抓挠等症状，或者摇头频繁、持续时间较长，家长需要引起重视，及时带宝宝去医院检查，明确原因，以便采取相应的措施。