三个月宝宝晚上睡觉老是摇头，可能与以下原因有关。
1.生理因素
头部出汗：宝宝新陈代谢旺盛，头部容易出汗，汗液刺激头皮，会使宝宝感到瘙痒，从而出现摇头的现象。
湿疹：如果宝宝头部有湿疹，也会出现瘙痒，导致宝宝摇头。湿疹可能还会伴有皮肤发红、脱屑等症状。
外耳道炎或中耳炎：如果宝宝耳朵里有耳屎，或者耳朵进水，可能会引起外耳道炎或中耳炎，导致宝宝耳朵疼痛，从而出现摇头的现象。中耳炎还可能伴有发热、哭闹等症状。
2.维生素D缺乏性佝偻病
维生素D缺乏性佝偻病的早期表现为多汗、夜惊、烦躁不安等，宝宝会出现摇头、摩擦枕头等动作，严重时还可能出现颅骨软化、方颅、鸡胸、漏斗胸等骨骼畸形。
3.其他
皮肤过敏：如果宝宝接触了过敏原，如尘螨、花粉等，可能会出现皮肤过敏，导致瘙痒，从而出现摇头的现象。
神经系统发育不完善：三个月的宝宝神经系统发育还不完善，容易受到外界刺激的影响，出现摇头等不自主的动作。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，可能是正常的生理现象。但如果宝宝摇头频繁，或者伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊等，可能是疾病引起的，需要及时就医，明确原因，并进行相应的治疗。
以下是一些可能有助于缓解宝宝摇头症状的方法。
1.保持宝宝头部清洁干燥，及时清理汗液和头皮屑。
2.如果宝宝有湿疹，可以涂抹湿疹膏，保持皮肤清洁干燥。
3.给宝宝勤剪指甲，避免搔抓皮肤。
4.如果宝宝耳朵有异常，应及时就医，清理耳屎或治疗中耳炎。
5.给宝宝补充维生素D和钙剂，多晒太阳，促进钙的吸收。
6.注意宝宝的睡眠环境，保持安静、舒适、温暖。
需要注意的是，如果宝宝的摇头症状持续不缓解或伴有其他异常表现，应及时就医，以便明确原因并进行相应的治疗。同时，家长应注意观察宝宝的情况，如有异常应及时就医。