三个月宝宝晚上睡觉老是摇头，可能与以下原因有关。
正常的生理现象：宝宝的前庭功能还没有发育完善，摇头是一种自我安抚的方式。此外，宝宝的神经系统也在发育过程中，可能会出现不自主的运动，包括摇头。
环境因素：如果宝宝睡觉的环境温度过高、过低，或者被褥过厚、过硬，都可能导致宝宝不舒服，从而出现摇头的现象。
皮肤问题：宝宝的头部容易出汗，如果没有及时清理，可能会导致头皮瘙痒，从而引起摇头。此外，湿疹、痱子等皮肤问题也可能导致宝宝头部不适。
维生素D缺乏性佝偻病：如果宝宝缺乏维生素D，可能会导致钙吸收不良，从而引起神经兴奋性增高，出现多汗、摇头、夜惊等症状。
中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，可能会出现耳部疼痛，从而导致摇头。此外，还可能伴有发热、哭闹等症状。
其他：宝宝可能会因为内耳前庭平衡系统发育不完善，对头部位置变化过于敏感，而出现摇头的现象。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，一般不需要特殊处理。但如果宝宝摇头频繁，或者伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊、多汗等，可能是身体不适，需要及时就医，明确原因，并进行针对性治疗。
此外，在日常生活中，家长要注意保持宝宝的头部清洁，及时清理汗液和头皮屑。给宝宝选择宽松、柔软的衣物和被褥，保持舒适的睡眠环境。同时，要注意给宝宝补充维生素D，促进钙吸收。如果宝宝出现耳部感染等异常情况，要及时就医治疗。