三个月宝宝晚上睡觉老是摇头，可能与以下原因有关。
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统尚未发育完全，有时会出现不自主的摇头动作，这是正常的生理现象，通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.头部出汗：如果宝宝睡觉时头部出汗较多，会感到不舒服，从而通过摇头来缓解。家长可以适当减少宝宝的衣物或调整室内温度，以保持宝宝舒适。
3.湿疹：宝宝头部容易出汗，如果不及时清洁，容易引发湿疹，导致瘙痒，从而引起宝宝摇头。家长要注意保持宝宝头部清洁，及时清洗汗液和口水。
4.缺钙：宝宝缺钙时，会出现多汗、烦躁、摇头等症状。家长可以带宝宝去医院检查微量元素，如有缺钙，需在医生的指导下补充钙剂和维生素D。
5.外耳道炎或中耳炎：如果宝宝的外耳道有耵聍（耳屎）或有炎症，会刺激外耳道皮肤，引起瘙痒，导致宝宝摇头。此外，中耳炎也会引起耳部疼痛，使宝宝通过摇头来缓解。家长可以观察宝宝的耳部是否有异常分泌物，如果有，需及时就医。
6.皮肤过敏：如果宝宝对床上用品、衣物等过敏，也可能出现皮肤瘙痒，导致摇头。家长要注意排查过敏原，并保持宝宝皮肤清洁。
如果宝宝摇头的情况持续不缓解或伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，建议及时就医，以便明确原因并采取相应的治疗措施。