三个月宝宝晚上睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统尚未发育完全，可能会出现摇头、手抖等无意识动作，这是正常的生理现象，通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.温度不适：宝宝的体温调节功能尚未完全发育，可能会因为过热或过冷而感到不适，导致摇头。
3.湿疹：宝宝的皮肤娇嫩，如果出现湿疹，会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。
4.缺钙：宝宝在生长发育过程中，如果缺钙，会导致神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头等症状。
5.耳部感染：宝宝的耳部结构尚未完全发育，如果耳部感染，会导致耳部疼痛，从而引起摇头。
如果宝宝晚上睡觉老是摇头，同时伴有哭闹、多汗、夜惊等症状，可能是缺钙引起的，需要及时补充钙剂和维生素D。如果宝宝的摇头症状持续不缓解，或者伴有其他异常症状，如发热、呕吐、抽搐等，需要及时就医，进行相关检查，明确病因，并进行针对性治疗。