干燥综合征的病因目前尚未完全明确，可能与遗传、免疫、感染等多种因素有关。研究发现，遗传因素在其中起到一定作用，约10%的干燥综合征患者有家族史。
遗传因素方面：
人类白细胞抗原（HLA）相关：HLA - DR3、HLA - B8等基因与干燥综合征的发病有相关性。携带这些基因的人群，患干燥综合征的风险相对较高。例如，在一些家族聚集性的干燥综合征病例中，往往能检测到相关HLA基因的存在。
免疫因素方面：
自身免疫反应异常：体内的免疫系统会错误地攻击自身的外分泌腺体，尤其是唾液腺和泪腺。正常情况下，免疫系统能够识别和抵御外来的病原体等异物，但在干燥综合征患者体内，免疫系统失去了这种正常的识别功能，产生了多种自身抗体，如抗SSA抗体、抗SSB抗体等。这些自身抗体参与了对唾液腺和泪腺等外分泌腺体的损伤过程，导致腺体分泌功能下降，出现口干、眼干等干燥综合征的典型症状。
感染因素方面：
病毒感染可能诱发：某些病毒感染可能是触发干燥综合征的因素之一。例如，EB病毒、丙型肝炎病毒等。有研究表明，感染EB病毒后，可能会改变人体的免疫状态，使得免疫系统更容易出现异常反应，进而诱发干燥综合征。丙型肝炎病毒感染也与干燥综合征的发病有一定关联，部分丙型肝炎病毒感染者会合并出现干燥综合征的表现。此外，雌激素水平异常也可能与干燥综合征的发病有关。女性患者相对较多，可能与女性体内雌激素水平较高有关，雌激素可能会影响免疫系统的功能，从而增加干燥综合征的发病风险。