干燥综合症的病因目前尚未完全明确，一般认为是遗传、免疫、感染等多种因素共同作用导致的。遗传因素方面，研究发现某些基因与干燥综合症的发病相关，有家族遗传倾向的人群患病风险可能相对较高。
遗传因素影响
基因关联： 相关研究表明，人类白细胞抗原（HLA）基因与干燥综合症的发病有一定关联。例如，HLA - DR3、HLA - DR4等基因亚型在干燥综合症患者中的携带频率可能高于正常人群。有家族中多人患病的情况，提示遗传易感性在发病中起到一定作用，但不是单一基因决定发病，而是多基因与环境等因素相互作用。
免疫因素主导
自身免疫反应异常： 患者体内存在多种自身抗体，如抗核抗体、抗SSA抗体、抗SSB抗体等。这些自身抗体攻击自身的唾液腺、泪腺等外分泌腺体，导致腺体的分泌功能受损。免疫系统异常激活，T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞功能紊乱，引发慢性炎症反应，持续破坏外分泌腺体，进而出现口干、眼干等干燥综合症的典型症状。例如，抗SSA抗体和抗SSB抗体在干燥综合症患者中的阳性率较高，对疾病的诊断有重要意义。
感染因素诱发
病毒感染影响： 某些病毒可能参与了干燥综合症的发病。比如EB病毒、丙型肝炎病毒等。病毒感染可能会触发自身免疫反应，改变人体的免疫状态。当人体感染这些病毒后，可能会导致免疫细胞的功能失调，使得原本正常的自身免疫耐受被打破，从而引发针对自身外分泌腺体的免疫攻击，最终导致干燥综合症的发生。不过，目前还不是完全明确病毒感染是如何直接导致干燥综合症，但大量研究发现病毒感染与该病的发病存在一定的关联。