扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占扁桃体炎病因的10%~30%。此外，病毒也是引发扁桃体发炎的重要原因，像EB病毒、腺病毒等感染都可能导致扁桃体发炎，且病毒性扁桃体炎约占扁桃体炎的60%左右。
感染源方面的原因
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，金黄色葡萄球菌也可能引发扁桃体发炎。当人体抵抗力下降时，金黄色葡萄球菌容易侵入扁桃体，导致局部出现炎症反应，表现为扁桃体红肿、疼痛等症状。病毒感染： 除了EB病毒和腺病毒，柯萨奇病毒感染也会引起扁桃体发炎。柯萨奇病毒感染后，患者除了有扁桃体发炎的表现，还可能伴有发热、皮疹等症状，尤其在儿童群体中较为常见。
自身抵抗力因素
免疫力低下时易发病： 当人体过度疲劳、睡眠不足时，免疫力会下降，这时候就更容易受到病原体的侵袭，从而引发扁桃体发炎。比如，连续熬夜加班后，很多人会出现扁桃体红肿疼痛的情况。年龄因素影响抵抗力： 儿童时期扁桃体处于活跃的免疫状态，但自身抵抗力相对较弱，所以儿童比成年人更容易发生扁桃体发炎。尤其是3~10岁的儿童，扁桃体发炎的发生率较高。而老年人由于身体机能衰退，抵抗力也会下降，同样容易受到病原体感染引发扁桃体发炎。
环境因素的影响
空气污染易致病： 长期处于污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体，降低扁桃体的防御能力，增加扁桃体发炎的风险。例如，在工业污染严重的地区，居民扁桃体发炎的概率相对较高。季节变化的影响： 季节更替时，气温变化较大，如果不能及时增减衣物，人体容易受凉，导致呼吸道局部抵抗力降低，从而引发扁桃体发炎。像秋冬季节和冬春季节交替时，扁桃体发炎的患者数量往往会增多。