肾结石碎石后还疼，原因主要有以下方面。
一、结石击碎后尚未排出或在排出下移过程中导致输尿管划伤从而引起疼痛。体外冲击波碎石的原理是利用超声波能量将肾脏内的大结石震碎成小结石，这些小结石会通过人体自然通道，即从肾盂进入输尿管、膀胱、尿道而排出体外，在此过程中，结石会刺激输尿管黏膜导致肾绞痛发作，且小结石排出掉落时偶尔也会有疼痛，这属于正常现象。
二、如果是手术治疗，如经皮肾镜或输尿管软镜碎石，术后一般会留置双J管。双J管是两侧为J型的直行管道，中间直行部分位于输尿管内，其作用是支撑输尿管，防止炎性狭窄，同时支撑扩张输尿管，还有助于尿液引流和小结石结晶的排出。但双J管在体内会刺激膀胱黏膜和肾盂黏膜，从而引起疼痛，这也属于正常现象，同时可能还伴有血尿。术后一个月拔除双J管后，此类症状通常会缓解。疼痛严重时，建议患者及时到医院进行泌尿系B超或CT检查。
总之，肾结石碎石后疼痛可能是正常现象，也可能需要进一步检查和处理，应根据具体情况进行判断和应对。