肾结石碎石后仍疼痛可能与多种因素有关，比如碎石后结石排出过程刺激尿路、局部损伤、感染等情况。
一、结石排出刺激尿路
碎石后结石碎块会通过尿路排出，在这个过程中，碎块移动可能刺激尿路黏膜，导致疼痛，这种疼痛多为阵发性，可能伴有血尿。
二、局部损伤
碎石过程中可能对肾脏或尿路局部造成一定损伤，损伤部位会引起疼痛，一般疼痛程度相对较稳定，但也可能持续存在。
三、感染因素
如果碎石后发生尿路感染，炎症刺激会导致疼痛，常伴有尿频、尿急、尿痛等症状，尿液可能会浑浊。
四、个体差异
不同患者对疼痛的敏感程度不同，有些患者可能本身对疼痛较敏感，即使碎石后情况不严重也会感觉较疼。另外，患者的身体状况、基础疾病等也可能影响对疼痛的感受和恢复情况。比如有糖尿病等基础疾病的患者，恢复相对较慢，疼痛可能持续时间更长。