肾结石做完碎石后仍有疼痛，可能有多种原因。
结石排出过程刺激
碎石后结石碎成小颗粒，在排出过程中会刺激尿路黏膜，引起疼痛。这是因为小结石在通过输尿管等尿路管道时，会造成管道的痉挛等情况，从而产生疼痛，这种疼痛可能会持续一段时间，尤其是在结石移动较明显的时候。
局部组织损伤
碎石过程中可能会对肾脏、输尿管等局部组织造成一定损伤，即使结石已经破碎，损伤部位的修复等过程也可能导致疼痛。不同年龄、性别等人群可能对这种损伤的反应有所不同，但都会出现疼痛的情况。
尿路梗阻未完全解除
虽然进行了碎石，但可能存在部分梗阻仍然存在的情况，比如较大的碎块仍在尿路中造成一定程度的梗阻，影响尿液的正常排出，进而引发疼痛。对于有基础病史的人群，如存在泌尿系统解剖结构异常等情况，可能更容易出现这种梗阻未完全解除而导致疼痛的情况。
炎症反应
碎石后局部可能会出现炎症反应，炎症因子的释放等会刺激周围组织，引起疼痛。不同生活方式的人，如喝水少等情况可能会加重炎症反应，从而使疼痛更明显。