毛囊炎的治疗药物需根据病情轻重选择，一般轻中度毛囊炎可外用药物治疗。比如局部外用莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有抗菌作用，能抑制细菌蛋白质合成，从而起到杀菌消炎的效果。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏：适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，像金黄色葡萄球菌、链球菌等导致的毛囊炎。它能涂抹在患处，起到抗菌消炎的作用，一般连续使用几天可能会看到效果。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的常见细菌，如葡萄球菌有良好的抗菌活性。可直接涂于患处，一天使用几次，能帮助减轻毛囊炎的红肿、疼痛等症状。
抗真菌外用药物
酮康唑乳膏：如果是真菌感染引起的毛囊炎，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就比较适用。它能抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌代谢，从而发挥抗真菌作用。使用时要均匀涂抹在受感染的部位。特比萘芬乳膏：同样针对真菌性毛囊炎，能干扰真菌固醇的早期生物合成，起到杀菌和抑制真菌生长的作用，涂抹后需保持局部皮肤清洁干燥。
中药外用制剂
如意金黄散：可以用醋或蜂蜜调成糊状，敷在毛囊炎的患处，有清热解毒、消肿止痛的功效，能缓解毛囊炎引起的红肿热痛等症状。不过使用前要注意皮肤是否有破损等情况。鱼石脂软膏：有温和的刺激性，可消肿、消炎、防腐，适用于初期毛囊炎，能促进炎症消退。涂抹时要注意不要涂到正常皮肤上。对于症状较轻的毛囊炎，通过外用上述药物大多能得到改善。但如果毛囊炎比较严重，或者反复发作，可能还需要结合口服药物等其他治疗方法，同时要注意保持皮肤清洁卫生，避免搔抓等刺激皮肤的行为。如果自己不太能判断毛囊炎的类型，最好先咨询医生再选择合适的药物治疗。