反流性食管炎是由多种因素导致的食管抗反流防御机制减弱，从而引起胃十二指肠内容物反流入食管，损伤食管黏膜。一般来说，食管下括约肌功能障碍是导致反流性食管炎的重要原因之一。
食管下括约肌结构与功能异常
食管下括约肌是食管末端约3-4cm长的环形肌束，是防止胃内容物反流的重要结构。当食管下括约肌压力降低时，比如约有1/3的反流性食管炎患者存在食管下括约肌压力低于正常水平的情况，就容易出现反流。此外，一些因素还会影响食管下括约肌的功能，如高脂肪饮食、巧克力、咖啡因等，这些食物会使食管下括约肌松弛，增加反流风险。
食管清除作用降低
正常情况下，食管通过蠕动等方式能有效清除反流物。但当食管蠕动异常时，会导致食管清除反流物的能力下降。例如，老年人食管蠕动功能减退，就更容易发生反流性食管炎。另外，食管排空延迟也会影响清除作用，比如某些疾病导致食管蠕动减慢，使得反流物在食管内停留时间延长，进一步加重对食管黏膜的损伤。
食管黏膜屏障功能降低
食管黏膜屏障由上皮前、上皮、上皮后三重防御机制构成。当这三重防御机制受损时，食管黏膜抵御反流物的能力就会减弱。比如长期大量吸烟、饮酒，烟草中的尼古丁和酒精都会损伤食管黏膜屏障。还有一些药物，像非甾体抗炎药，也可能破坏食管黏膜屏障，使食管黏膜容易受到反流物的侵害，从而引发反流性食管炎。