月经老是不干净，呈咖啡色，可能是黄体萎缩不全、子宫内膜息肉、子宫肌瘤等原因引起的，可以采取以下措施。
1.就医检查：如果月经老是不干净，呈咖啡色，持续时间较长，需要及时就医，进行相关检查，如性激素六项、B超等，以明确病因。
2.针对病因治疗：
黄体萎缩不全：如果是黄体萎缩不全引起的，可以在医生的指导下使用孕激素类药物进行治疗，如黄体酮、地屈孕酮等，以促进黄体萎缩，调节月经。
子宫内膜息肉：如果是子宫内膜息肉引起的，可以通过宫腔镜手术进行治疗，以去除息肉。
子宫肌瘤：如果是子宫肌瘤引起的，较小的肌瘤一般不需要治疗，定期复查即可；较大的肌瘤或肌瘤引起月经过多、经期延长等症状时，需要进行手术治疗，如子宫肌瘤剔除术、子宫切除术等。
3.调整生活方式：在治疗的同时，还需要注意调整生活方式，如保持良好的生活习惯、饮食习惯、作息规律等，避免过度劳累、精神紧张、压力过大等。
4.注意个人卫生：月经期间要注意个人卫生，保持外阴清洁，勤换卫生巾和内裤，避免感染。
总之，月经老是不干净，呈咖啡色，可能是多种原因引起的，需要及时就医，明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，还需要注意调整生活方式，注意个人卫生，以促进身体的恢复。