肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，由内口、瘘管、外口三部分组成。其形成原因主要有以下几点：
1.感染：肛瘘多数是由于肛管直肠周围脓肿破溃后形成的。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多瘢痕组织，形成慢性感染性管道。
2.肛门直肠损伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，也会导致肛瘘。
3.会阴部手术：内痔注射、肛裂扩肛、内痔及肛瘘手术等，因操作不当或术后感染，也可引起肛瘘。
4.结核：吞咽结核菌后，可导致肠道原发结核，之后结核菌可经血行或淋巴到达肛周，引起肛周脓肿，破溃后形成肛瘘。
5.克罗恩病：这种消化道炎症性疾病也可累及肠道，引发肛瘘。
6.其他：直肠肛管癌破溃或波及深部的感染，也会导致肛瘘。
肛瘘不能自愈，不及时治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此，一旦确诊肛瘘，应及时采取手术治疗。