肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿未规范处理： 当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，如果脓肿没有得到及时、彻底的治疗，比如脓肿自行破溃后，脓腔引流不顺畅，就容易导致管壁纤维化，进而形成肛瘘。一般来说，肛周脓肿发病后，如果没有得到恰当的医疗干预，大约有一部分会发展为肛瘘。肛周脓肿的感染源： 大多是因肛腺感染引起，肛腺开口于肛窦，肛窦易受损伤及细菌的侵入，引发肛腺感染，感染可蔓延至肛周直肠周围形成脓肿，最终形成肛瘘。
直肠肛门损伤导致肛瘘
外伤引发感染形成肛瘘： 比如会阴部受外来暴力、直肠内异物损伤等，若损伤后没有及时处理，细菌侵入感染，也可能引发肛瘘。例如，进行肛门直肠检查时操作不当造成的损伤，或者误食异物损伤肠道等情况，如果处理不及时，就有引发肛瘘的风险。肠道手术相关： 虽然肠道手术是为了治疗疾病，但如果术后护理不当，发生感染，也可能导致肛瘘。比如直肠手术、肛瘘本身的手术操作等，如果术后出现感染，炎症蔓延就可能形成新的肛瘘情况。
特异性炎症引起肛瘘
结核杆菌感染： 结核杆菌感染肠道后，可引起肠道的特异性炎症，进而影响肛周组织，导致肛瘘形成。结核杆菌感染通常病程较长，病情相对隐匿，若有结核病史且肛周出现异常，就要考虑结核性肛瘘的可能。克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，病变可累及肠道各部位，当累及肛周时，也容易引发肛瘘。克罗恩病导致的肛瘘治疗相对复杂，因为疾病本身具有复发性等特点。