跑步几天后膝盖疼，可能是以下原因导致的：
1.准备活动不充分：在跑步前没有进行充分的热身，或热身时间过短，导致身体没有充分活动开，关节和肌肉的柔韧性不足，容易引起膝盖疼痛。
2.跑步姿势不正确：如果跑步时膝盖内扣或外翻，或步幅过大、过小，都可能增加膝盖的压力，导致疼痛。
3.跑步强度过大：跑步的速度过快、距离过长或频率过高，超出了身体的承受能力，容易引起膝盖损伤。
4.缺乏锻炼：平时缺乏运动，突然进行跑步等高强度运动，身体无法适应，容易导致膝盖疼痛。
5.体重过重：过重的体重会增加膝盖的负担，容易引起膝盖疼痛和损伤。
6.膝关节本身问题：如果本身存在膝关节疾病，如滑膜炎、半月板损伤等，跑步后可能会加重疼痛。
如果跑步后出现膝盖疼痛，应立即停止跑步，休息一段时间。如果疼痛持续不缓解或加重，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取相应的治疗措施。同时，在跑步前应做好充分的准备活动，选择合适的跑鞋，掌握正确的跑步姿势，控制跑步强度和时间，并注意控制体重。如果本身存在膝关节疾病，应在医生的指导下进行治疗和康复训练。