三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因导致的。
1.生理因素：
宝宝神经系统发育不完善：宝宝的神经系统还没有完全发育成熟，容易受到外界刺激的影响，从而出现摇头的现象。
宝宝出汗多：如果宝宝睡觉的环境温度过高、穿的衣服过多或盖的被子过厚，导致宝宝出汗多，头部瘙痒，也会出现摇头的现象。
宝宝缺乏维生素D：维生素D缺乏性佝偻病的早期表现为多汗、夜惊、烦躁不安等，宝宝会通过摇头来缓解头部不适。
2.病理因素：
湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会导致皮肤瘙痒，宝宝会通过摇头来摩擦止痒。
中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、流脓等症状，宝宝会通过摇头来缓解耳部不适。
针对以上原因，可以采取以下措施。
1.保持环境舒适：保持宝宝睡觉的环境温度适宜、穿的衣服和盖的被子适中，避免宝宝出汗过多。
2.补充维生素D：如果宝宝缺乏维生素D，需要及时补充，可以通过晒太阳和服用维生素D制剂来补充。
3.治疗湿疹和中耳炎：如果宝宝头部有湿疹或患有中耳炎，需要及时治疗，可以在医生的指导下使用药物治疗。
4.转移注意力：如果宝宝摇头是为了缓解头部不适，可以通过转移注意力的方式来缓解，如播放轻柔的音乐、给宝宝按摩等。
如果宝宝睡觉老是摇头的情况持续时间较长或伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，建议及时就医，以排除其他疾病的可能。