三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起的。
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统发育还不完善，容易受到外界刺激而出现兴奋或紧张，摇头是一种自我安慰的方式。此外，宝宝的汗腺还没有发育完全，头部容易出汗，也会引起瘙痒，导致宝宝摇头。这种情况下，宝宝的精神状态良好，食欲正常，不需要特殊处理，只要保持头部清洁干燥，及时更换汗湿的衣物即可。
2.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增高，出现多汗、夜惊、烦躁、摇头等症状。这种情况下，宝宝还可能伴有方颅、鸡胸、漏斗胸等骨骼畸形。家长可以带宝宝去医院检查维生素D水平和骨密度，确诊后及时补充维生素D和钙剂。
3.湿疹：宝宝头部、面部、颈部等部位容易出现湿疹，湿疹会引起皮肤瘙痒，导致宝宝摇头。这种情况下，宝宝的皮肤会出现红斑、丘疹、水疱等皮疹，严重时会有渗出、结痂。家长可以带宝宝去医院皮肤科就诊，确诊后在医生的指导下使用湿疹膏、炉甘石洗剂等药物治疗。
4.中耳炎：宝宝的咽鼓管较短、宽且平直，呈水平位，一旦发生感染，容易引起中耳炎，出现耳部疼痛、流脓、发热等症状。宝宝会因为耳部不适而摇头，同时还可能伴有哭闹、抓耳等表现。家长可以带宝宝去医院耳鼻喉科就诊，确诊后在医生的指导下使用抗生素滴耳液等药物治疗。
5.其他：宝宝如果有外耳道炎、头皮感染、过敏等情况，也会出现睡觉摇头的症状。
总之，如果宝宝睡觉老是摇头，同时伴有其他异常表现，家长应该及时带宝宝去医院就诊，明确原因，以便采取相应的治疗措施。