三个月宝宝睡觉老是摇头，可能与以下原因有关。
1.正常生理现象：宝宝的神经系统尚未发育完全，摇头可能是一种自然的反应。此外，宝宝的头皮可能会因为出汗、湿疹等原因而感到不适，也会通过摇头来缓解。
2.缺钙：如果宝宝体内缺钙，可能会导致神经兴奋性增加，从而出现摇头、盗汗、夜惊等症状。
3.皮肤问题：宝宝的头皮可能会有湿疹、痱子等皮肤问题，这些问题会导致瘙痒，使宝宝通过摇头来缓解。
4.耳部感染：耳部感染可能会导致宝宝耳部疼痛，从而引起摇头。
5.其他：宝宝可能会因为环境温度过高、过冷，或者被子过厚等原因而感到不适，也会出现摇头的现象。
如果宝宝只是偶尔摇头，且没有其他异常表现，通常不需要过于担心。但如果宝宝摇头频繁，或者伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊、多汗等，家长应及时带宝宝就医，进行相关检查，以确定原因，并采取相应的治疗措施。
此外，家长在日常生活中应注意以下几点，有助于缓解宝宝的不适。
1.保持宝宝的头皮清洁，及时清理汗液和头皮屑。
2.给宝宝选择宽松、透气的衣物和被褥，避免过热或过冷。
3.注意宝宝的饮食均衡，及时补充维生素D和钙剂。
4.如果宝宝有湿疹等皮肤问题，应及时就医治疗。
5.给宝宝创造一个安静、舒适的睡眠环境。
需要注意的是，由于宝宝的表达能力有限，家长应密切观察宝宝的一举一动，如有异常应及时就医。同时，在带宝宝就医时，应详细向医生描述宝宝的症状和情况，以便医生做出准确的诊断和治疗。