三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因导致的。
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统发育不完善，控制能力较弱，容易出现摇头等不自主动作。
2.温度不适：宝宝的体温调节能力尚未完全发育，过热或过冷的环境可能会让他们感到不适，从而通过摇头来调节。
3.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会因为瘙痒而摇头。
4.缺钙：宝宝缺钙时，可能会出现多汗、烦躁、摇头等症状。
5.耳部感染：耳部感染可能导致宝宝耳部疼痛，从而出现摇头的现象。
针对以上原因，可以采取以下措施。
1.注意宝宝的睡眠环境，保持适宜的温度和湿度。
2.及时给宝宝清理头部，保持皮肤清洁。
3.如果怀疑宝宝有湿疹，应及时就医，在医生的指导下使用药物治疗。
4.按照医生的建议给宝宝补充维生素D和钙剂。
5.注意观察宝宝的耳部情况，如果有异常，及时就医。
如果宝宝摇头的情况持续不缓解或伴有其他异常症状，如哭闹、呕吐、发热等，应及时就医，以便明确原因并进行相应的治疗。