三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还未发育完善，摇头可能是在自我安抚。
2.湿疹：宝宝头部瘙痒，会通过摇头来缓解。
3.缺钙：宝宝缺钙会导致头部多汗，使头部发痒，从而出现摇头的现象。
4.头皮感染：宝宝的头皮如果有湿疹、脂溢性皮炎等，也会引起瘙痒，导致宝宝摇头。
5.中耳炎：宝宝的耳部如果有炎症，也会出现疼痛，导致宝宝摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，家长可以先观察。如果宝宝经常摇头，或者伴有其他异常症状，如哭闹、睡眠不安、夜惊、囟门大、方颅等，应及时带宝宝就医，明确原因，并进行相应的治疗。
此外，家长在护理宝宝时，要注意保持宝宝的头部清洁，勤洗头，避免湿疹的发生。同时，要给宝宝补充维生素D和钙剂，多晒太阳，促进钙的吸收。如果宝宝有湿疹，要及时治疗，避免感染。如果宝宝有中耳炎，要及时就医，遵医嘱使用药物治疗。