三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统发育不完善，控制能力较弱，当外界环境刺激或自身睡眠状态改变时，可能会出现摇头、手抖等现象。这种情况通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会因为瘙痒而出现摇头的情况。此外，湿疹还可能导致宝宝皮肤发红、脱屑等。
3.缺钙：宝宝体内缺钙时，会导致交感神经兴奋，从而引起头部出汗，刺激头皮，使宝宝出现摇头的现象。缺钙还可能导致宝宝出现夜惊、夜啼、烦躁不安等症状。
4.头皮瘙痒：宝宝如果出汗较多，没有及时清洗，可能会导致头皮瘙痒，从而引起摇头。此外，宝宝如果头发较长，也可能会因为头发缠绕而导致头皮瘙痒。
5.耳部感染：如果宝宝患有中耳炎或外耳道炎，会因为耳部不适而出现摇头的情况。此外，耳部感染还可能导致宝宝出现发热、哭闹等症状。
如果宝宝出现睡觉老是摇头的情况，家长可以先观察宝宝的头部是否有湿疹、皮肤发红等异常情况，同时注意保持宝宝的头部清洁。如果宝宝同时伴有夜惊、夜啼、烦躁不安等症状，或者摇头的情况持续时间较长，建议及时带宝宝就医，进行相关检查，以确定具体原因。