三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：
宝宝的神经系统尚未发育完全，可能会出现一些不自主的运动，包括摇头。这是正常的生理现象，随着宝宝的成长，这种情况会逐渐减少。
宝宝的头皮可能会因为出汗、湿疹等原因而感到不适，摇头可以帮助他们缓解这种不适。
2.缺钙：
宝宝缺钙时，会导致神经兴奋性增加，容易出现多汗、摇头、烦躁等症状。
除了睡觉摇头，宝宝还可能伴有夜惊、夜啼、方颅、鸡胸等表现。
家长可以带宝宝去医院检查血钙、维生素D水平，以明确是否缺钙。如果确诊缺钙，需要在医生的指导下补充钙剂和维生素D。
3.湿疹：
宝宝如果患有湿疹，头皮会瘙痒，也会出现摇头的现象。
湿疹可能还会伴有皮肤发红、皮疹、渗出等症状。
家长要注意保持宝宝的头皮清洁干燥，避免搔抓，同时可以在医生的指导下使用湿疹膏等药物治疗。
4.其他：
宝宝内耳发育不完善，也可能会出现摇头的现象。
此外，一些感染性疾病，如中耳炎、上呼吸道感染等，也可能导致宝宝睡觉摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶、睡眠正常，家长可以先观察。如果宝宝摇头频繁，伴有其他异常表现，或者家长无法判断原因，建议及时带宝宝去医院就诊，以明确原因，并采取相应的措施。