来例假时肚子疼和腰疼是不正常的，可能是由以下原因引起：
1.痛经：痛经是一种常见的妇科症状，指行经前后或月经期出现下腹部疼痛、坠胀，伴有腰酸或其他不适，症状严重影响生活质量者。痛经分为原发性痛经和继发性两类，原发性痛经指生殖器官无器质性病变的痛经，占痛经90%以上；继发性痛经指由盆腔器质性疾病引起的痛经。
2.盆腔炎：盆腔炎是指女性生殖器官、子宫周围结缔组织及盆腔腹膜的炎症。慢性盆腔炎症往往是急性期治疗不彻底迁延而来，其发病时间长，病情较顽固。细菌逆行感染，通过子宫、输卵管而到达盆腔。但在现实生活中，并不是所有的妇女都会患上盆腔炎，发病只是少数。这是因为女性生殖系统有自然的防御功能，在正常情况下，能抵御细菌的入侵，只有当机体的抵抗力下降，或由于其他原因使女性的自然防御功能遭到破坏时，才会导致盆腔炎的发生。
3.子宫内膜异位症：这是具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆黏膜以外的其他部位，异位的子宫内膜在月经周期中，受卵巢激素的影响，出现周期性出血，导致周围纤维组织增生和粘连，形成异位结节，痛经、慢性盆腔痛、月经异常和不孕是其主要症状。
如果来例假时肚子疼和腰疼的症状持续不缓解或加重，建议及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。