一、起病年龄
年龄较小者预后相对较差：一般来说，起病年龄小于25岁的肌萎缩侧索硬化（ALS）患者，其病情进展往往更快，生存期相对较短。研究发现，年轻起病的患者由于神经系统发育尚不完善等因素，机体对疾病的耐受及应对能力相对较弱，疾病更容易迅速侵蚀神经系统功能，导致呼吸、吞咽等重要功能快速恶化。
二、临床分型
进行性延髓麻痹型预后差：以进行性延髓麻痹为主要表现的ALS患者，由于延髓受累，会较早出现吞咽困难、构音障碍等问题，进而导致营养不良、吸入性肺炎等并发症，这些并发症往往会严重影响患者的生存质量和生存期。而肢体起病型相对而言，疾病进展可能在一定时间内相对局限于肢体肌肉，对呼吸等重要功能影响较晚，预后相对稍好，但随着病情发展最终也都会累及延髓等部位。
三、运动功能进展速度
病情进展快者预后不良：如果患者在发病后1年内就出现了明显的肢体瘫痪加重、吞咽功能严重受损等情况，提示疾病进展速度极快，这类患者的预后通常较差。因为快速进展的疾病会在短时间内使患者丧失自主运动能力，并且引发多种危及生命的并发症，如呼吸肌麻痹导致的呼吸衰竭等。相反，病情进展相对缓慢的患者，有更多时间来应对疾病带来的影响，生存期可能相对长一些。
四、呼吸功能
呼吸功能受损早且严重者预后差：ALS患者常常会出现呼吸肌受累，若患者在早期就出现肺活量明显下降、血氧饱和度降低等呼吸功能受损表现，说明呼吸肌已经受到较严重的影响。呼吸功能的恶化会直接威胁患者的生命，因为呼吸是维持生命的最基本功能之一，严重呼吸功能受损的患者很容易因为呼吸衰竭而死亡。例如，当患者肺活量低于正常预计值的50%时，就提示呼吸功能已经明显受损，预后不良的风险增加。
五、营养状况
营养不良者预后不佳：由于吞咽困难等原因导致营养不良的ALS患者，机体抵抗力会下降，更容易发生感染等并发症。而且营养不良会进一步加重肌肉萎缩等病情，形成恶性循环。研究显示，体重下降超过10%的ALS患者，其生存期明显短于营养状况良好的患者。良好的营养状况有助于维持患者的肌肉功能和整体身体状况，从而延长生存期。
六、基因因素
某些基因突变预后更差：例如，超氧化物歧化酶1（SOD1）基因突变相关的ALS患者，其预后往往相对较差。特定的基因突变会导致疾病的分子机制异常加剧，使得神经系统受损的进程加快。目前已经发现多种与ALS相关的基因变异，不同的基因变异对疾病进展和预后的影响不同，携带某些高危基因突变的患者需要更加密切地监测病情，并且面临着相对更严峻的预后情况。
七、治疗干预时机及效果
治疗干预晚且效果不佳者预后差：如果患者在出现明显症状后未能及时接受有效的治疗，或者治疗后病情控制不理想，那么疾病会迅速进展。及时且有效的治疗能够在一定程度上延缓病情进展，比如一些新兴的药物治疗手段如果能早期应用并取得较好疗效，可使患者生存期延长。而对于治疗反应差的患者，病情会按照自身的快速进展轨迹发展，预后自然不容乐观。