月经来时腰疼的原因主要有以下几点：
1.生理原因：月经期间，女性体内的激素水平会发生变化，这可能导致盆腔充血和子宫收缩，从而引起腰部疼痛。
2.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位，这种情况可能会导致月经期间腰疼，并伴有痛经等症状。
3.盆腔炎：盆腔炎是指女性盆腔内生殖器官及其周围结缔组织、盆腔腹膜发生的炎症，炎症可刺激腰部神经，从而引起腰疼。
4.节育环：如果女性体内有节育环，月经期间节育环可能会刺激子宫颈，引起子宫收缩，进而导致腰疼。
5.其他：子宫肌瘤、子宫腺肌症、慢性宫颈炎等妇科疾病，以及肾脏疾病、腰椎间盘突出等其他疾病，也可能导致月经期间腰疼。
总之，月经期间腰疼可能是正常的生理现象，但也可能是某些疾病的表现。如果腰疼症状严重或持续时间较长，建议及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。