三个月宝宝晚上睡觉老是摇头，可能是正常的生理现象，也可能与疾病有关。以下是一些可能的原因和建议：
1.正常的生理现象：
宝宝的神经系统尚未完全发育，可能会出现一些无意识的动作，包括摇头。
宝宝可能会通过摇头来缓解头部的不适，例如湿疹、痱子等。
宝宝在浅睡眠状态时，也可能会出现摇头、微笑、四肢舞动等动作。
2.与疾病有关的原因：
湿疹：宝宝头皮瘙痒，会通过摇头来缓解。
缺钙：宝宝缺钙时，会出现多汗、烦躁、摇头等症状。
中耳炎：宝宝耳朵疼痛，会通过摇头来表达。
皮肤感染：宝宝头皮有皮疹、红肿等，也会导致瘙痒和摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，没有其他异常表现，可能是正常的生理现象。但如果宝宝经常摇头，伴有哭闹、睡眠不安、多汗、夜惊等症状，或者有其他异常表现，建议及时就医，进行相关检查，以确定原因，并采取相应的治疗措施。
此外，家长可以通过以下方法来缓解宝宝的不适：
保持宝宝头部清洁，勤洗头，避免湿疹加重。
给宝宝选择宽松、透气的衣物，避免过热。
给宝宝补充维生素D和钙剂，多晒太阳，促进钙的吸收。
注意观察宝宝的耳朵，如有异常及时就医。
如果宝宝是因为湿疹引起的瘙痒，可以在医生的指导下使用湿疹膏。
总之，三个月宝宝晚上睡觉老是摇头，需要家长密切观察，如果有异常表现，及时就医。同时，家长也要注意宝宝的护理，保持宝宝的舒适和健康。