三个月宝宝睡觉摇头，可能是以下原因引起的：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还没有发育完善，会出现摇头的情况，这是一种正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2.湿疹：宝宝头部出汗多，若家长没有及时清理，会导致宝宝头部瘙痒，从而出现摇头的情况。此外，湿疹还可能伴有皮肤红斑、丘疹等症状。
3.缺钙：宝宝生长发育迅速，若家长没有及时给宝宝补充维生素D，会导致宝宝缺钙，引起神经兴奋性增高，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。此外，缺钙还可能伴有方颅、鸡胸、肋骨串珠等症状。
4.中耳炎：宝宝的咽鼓管比较短、宽且平直，位置也比较低，若宝宝呛奶、吐奶，或者呼吸道感染时，细菌容易通过咽鼓管进入中耳，引起中耳炎，导致宝宝出现哭闹、摇头、抓耳等症状。
5.其他：宝宝头皮瘙痒、外耳道炎、头皮血肿等，也可能会出现睡觉摇头的情况。
如果宝宝睡觉摇头的同时，还伴有其他异常症状，建议及时就医，明确原因，以便采取相应的措施。