13岁男孩两膝盖关节疼可能由以下原因引起。
生长痛：男孩正处于生长发育的高峰期，骨骼生长迅速，而周围的神经、肌腱、肌肉等生长速度相对较慢，导致骨骼会拉扯肌肉、肌腱等，引起疼痛。这种疼痛通常发生在夜间，休息后会缓解，是一种正常的生理现象，一般不需要特殊治疗。家长可以通过按摩、热敷等方式缓解孩子的疼痛，同时让孩子多休息、多摄入富含蛋白质、钙等营养物质的食物。
外伤：如果孩子在活动中不小心摔倒、碰撞等，可能会导致膝盖关节受伤，引起疼痛、肿胀等症状。家长需要及时带孩子就医，进行详细的检查和治疗。
感染：如果孩子膝盖关节附近的皮肤出现红肿、发热等症状，可能是感染引起的，如滑膜炎、骨髓炎等。家长需要带孩子及时就医，进行抗感染治疗。
其他：风湿性关节炎、类风湿性关节炎等疾病也可能导致孩子膝盖关节疼痛。
如果孩子的疼痛持续时间较长、症状加重或出现其他异常症状，家长应及时带孩子就医，进行详细的检查和治疗。同时，家长应注意让孩子多休息，避免剧烈运动，注意保暖，避免膝盖关节受寒。