三个月大的宝宝睡觉老是摇头，可能有以下几种原因：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还没有发育完善，会出现摇头的情况，这是一种正常的生理现象，随着宝宝的生长发育，这种情况会逐渐消失。
2.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会因为瘙痒而出现摇头的情况。此外，湿疹还可能会导致宝宝皮肤发红、脱屑等。
3.缺钙：宝宝缺钙时，会出现多汗、烦躁、摇头等症状。此外，缺钙还可能会导致宝宝骨骼发育异常，出现鸡胸、漏斗胸等。
4.头皮瘙痒：如果宝宝的头发过长、过多，或者没有及时清洗，会导致头皮瘙痒，从而引起宝宝摇头。
5.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，从而导致宝宝摇头。此外，中耳炎还可能会导致宝宝听力下降、发热等。
如果宝宝睡觉老是摇头，同时伴有其他异常症状，建议及时就医，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。