肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来的，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿未规范治疗导致
肛周脓肿持续发展： 当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，如果没有得到及时、有效的治疗，脓肿可能会向肛周皮肤或肛管直肠黏膜下蔓延。比如，肛周脓肿发生后，若没有进行切开排脓等正确处理，感染灶会不断扩大，进而形成肛瘘。一般来说，肛周脓肿发病后1 - 2个月左右，就有可能逐渐转变为肛瘘。引流不彻底引发： 如果肛周脓肿切开引流时，引流口较小或位置不当，导致脓液引流不彻底，感染源持续存在，也容易形成肛瘘。例如，脓肿切开后，引流通道没有完全将坏死组织和感染物质引流出体外，残留的感染组织就会持续刺激周围组织，最终形成肛瘘。
肛门直肠损伤造成
外伤引起： 肛门部位受到外伤，如骑跨伤、异物伤等，可能会损伤肛管直肠，使细菌容易侵入伤口并感染。比如，骑自行车时意外撞击肛门部位，造成肛管直肠破损，若伤口处理不当，就可能引发感染，进而发展为肛瘘。医源性损伤： 在一些医疗操作过程中，也可能会导致肛门直肠损伤从而引发肛瘘。例如，肠镜检查时操作粗暴，损伤了肛管直肠黏膜，若术后护理不当，细菌感染就可能导致肛瘘形成。
特定疾病因素导致
溃疡性结肠炎： 患有溃疡性结肠炎的患者，肠道内的炎症会持续刺激肛管直肠部位，增加肛瘘的发生风险。研究表明，约有5% - 10%的溃疡性结肠炎患者会并发肛瘘。克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，病变可累及胃肠道各部位，当累及肛门直肠时，容易出现肛瘘等并发症。克罗恩病患者发生肛瘘的概率相对较高，且病情往往比较复杂，治疗也较为困难。