肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后处理不当发展而来。比如，肛周脓肿发生后，脓液会在肛周组织间蔓延，若没有得到规范有效的治疗，就容易形成肛瘘。
肛周感染因素：
肛腺感染： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵袭，感染后可蔓延至肛腺。肛腺一旦发生感染，炎症会向周围组织扩散，进而可能形成肛瘘。据统计，约80%的肛瘘与肛腺感染有关。直肠肛管损伤： 外伤、吞咽骨头、肛门插入异物等都可能导致直肠肛管损伤，从而使细菌侵入伤口引发感染，若感染未能及时控制，也有发展为肛瘘的风险。比如，有人因意外导致肛门部位受伤，之后未妥善处理，就可能出现肛瘘问题。
特异性炎症影响：
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位。当累及肛管直肠时，容易引发肛周病变，进而形成肛瘘。克罗恩病导致的肛瘘相对比较复杂，治疗也更具挑战性。溃疡性结肠炎： 溃疡性结肠炎是结肠和直肠的慢性非特异性炎症性疾病，病情活动时也可能波及肛周，引起肛瘘等并发症。不过，相较于克罗恩病引发的肛瘘，溃疡性结肠炎相关肛瘘的发生率相对低一些，但也不容忽视。
其他相关因素：
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较低，容易发生各种感染，包括肛周感染。一旦发生肛周感染，就比普通人更易发展为肛瘘，而且糖尿病患者的肛瘘治疗后复发的几率也可能相对较高。免疫功能低下者： 比如长期使用免疫抑制剂的人、艾滋病患者等，他们的身体免疫功能受到影响，对感染的抵御能力下降，肛周感染后形成肛瘘的可能性增加。这类人群在日常生活中要特别注意肛周卫生，预防感染。