肛瘘主要是由肛周脓肿发展而来的，大约有超过一半的肛瘘患者是因肛周脓肿没有得到及时有效的治疗，脓肿自行破溃或经切开引流后形成的。
肛周脓肿未规范处理引发
肛周脓肿成因： 肛门腺感染是引发肛周脓肿的主要原因。肛门腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤，比如粪便擦伤等，细菌就容易侵入肛窦，进而蔓延到肛门腺，引起感染，形成肛周脓肿。脓肿发展为肛瘘： 肛周脓肿如果没有进行规范的治疗，比如只是简单引流但没有彻底清除感染源，脓肿会反复破溃，逐渐形成肛瘘。一般肛周脓肿发生后，若不及时处理，大约在1个月左右可能就会形成肛瘘。
特定疾病诱发
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，会累及胃肠道各部位。肠道受到炎症侵袭，容易出现溃疡、穿孔等情况，进而引发肛瘘。据统计，约有10% - 20%的克罗恩病患者会并发肛瘘。溃疡性结肠炎： 肠道黏膜长期处于炎症状态，炎症不断刺激肠道组织，也可能导致肛瘘的形成。患者肠道黏膜反复发炎、糜烂，炎症向周围组织蔓延，就可能形成肛瘘。
不良生活习惯推动
久坐不动： 长时间坐着会使肛门局部血液循环不畅，肛门周围容易淤血，增加肛门腺感染的风险，进而诱发肛瘘。比如一些办公室人群，每天久坐超过8小时，患肛瘘的几率相对会高一些。饮食习惯不佳： 长期吃辛辣刺激性食物，像辣椒、花椒等，会刺激肛门直肠部位的黏膜，导致局部充血，降低局部的抵抗力，容易引发感染，增加肛瘘的发生几率。而且长期酗酒也会对肠道黏膜产生不良影响，破坏肠道的正常菌群，为细菌感染创造条件。