小儿黄疸的成因较多，新生儿出生后2 - 3天内约有60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸，这是因为新生儿肝脏处理胆红素的能力尚未成熟，胆红素代谢相对较慢。
生理性黄疸：
胆红素生成相对较多： 胎儿在宫内处于低氧环境，红细胞数量较多，出生后氧气含量增加，大量红细胞被破坏，产生较多胆红素。一般足月儿生后2 - 3天出现，4 - 5天达高峰，5 - 7天消退，最迟不超过2周；早产儿多于生后3 - 5天出现，5 - 7天达高峰，7 - 9天消退，最长可延迟到3 - 4周。肝脏代谢胆红素能力不足： 新生儿肝细胞内摄取胆红素的Y、Z蛋白含量低，生后5 - 10天才达到成人水平；肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）含量低且活性不足，形成结合胆红素的能力较差。
病理性黄疸：
胆红素生成过多：
红细胞增多症： 常见于双胎输血、胎儿 - 母体输血等情况，使红细胞数增多，破坏后产生大量胆红素。同族免疫性溶血： 如ABO血型不合或Rh血型不合等，母亲与胎儿血型不合，母亲体内抗体通过胎盘进入胎儿体内，破坏胎儿红细胞，导致胆红素生成过多。ABO血型不合较常见，多见于母亲O型，胎儿A型或B型。感染： 细菌、病毒等感染可引发溶血，如败血症、肺炎等，感染时细菌毒素等可抑制肝细胞UDPGT的活性，同时使红细胞破坏增加，胆红素生成增多。
肝脏胆红素代谢障碍：
肝细胞摄取胆红素功能低下： 如某些遗传代谢性疾病，可使肝细胞摄取胆红素的能力降低，导致血液中胆红素水平升高。肝细胞结合胆红素功能低下： 如先天性非溶血性黄疸（Gilbert综合征），是由于UDPGT基因缺陷所致，肝细胞结合胆红素的能力不足；新生儿肝炎综合征多由病毒感染引起，如乙肝病毒、巨细胞病毒等，影响肝细胞内UDPGT的合成，使结合胆红素的能力下降。
胆汁排泄障碍：
新生儿肝炎： 多由病毒引起的宫内感染所致，如乙肝病毒、巨细胞病毒、风疹病毒等，导致肝细胞受损，胆管阻塞，胆汁排泄障碍，胆红素反流入血。先天性胆道闭锁： 是一种肝内外胆管出现阻塞，并可导致淤胆性肝硬化先天性胆道疾病，多在出生后1 - 2周出现黄疸，并逐渐加重，大便颜色逐渐变为灰白色。