扁桃体肥大主要是由反复的炎症刺激引起的。比如，儿童时期咽部感染和反复炎症刺激是常见原因，像急性扁桃体炎若反复发作，就容易导致扁桃体增生肥大，有研究显示，儿童时期扁桃体炎反复发作的频率较高时，约40%的孩子会出现扁桃体肥大的情况。
一、感染因素导致
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌感染，这种细菌会反复侵袭扁桃体，引发炎症反应，长期的炎症刺激会使扁桃体组织增生、肥大。比如在学校等人群密集场所，儿童容易通过飞沫传播感染这类细菌，从而增加扁桃体肥大的风险。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等感染也可引起扁桃体炎症，进而导致肥大。例如腺病毒感染引起的咽结合膜热，就常伴有扁桃体充血、肿大的表现，而且这种病毒感染在夏季儿童群体中相对多见。
二、自身免疫因素相关
当人体的免疫系统出现异常时，也可能参与扁桃体肥大的过程。免疫系统错误地将扁桃体组织当作外来异物进行攻击，持续的免疫反应会促使扁桃体组织增生。不过具体的自身免疫机制还在进一步研究中，但可以确定的是，自身免疫因素在扁桃体肥大的发生发展中起到一定作用。
三、过敏因素影响
过敏体质的人接触过敏原后，比如花粉、尘螨等，过敏原会刺激扁桃体黏膜，引发过敏反应，导致扁桃体充血、水肿，长期的过敏状态也可能使扁桃体逐渐肥大。例如对花粉过敏的孩子，在花粉季节接触花粉后，容易出现扁桃体肥大伴随打喷嚏、流鼻涕等过敏症状。
四、其他因素
年龄因素： 儿童时期尤其是3 - 5岁的儿童，扁桃体处于生长发育较为活跃的阶段，相对更容易受到各种因素影响而出现肥大。随着年龄增长，部分孩子的扁桃体可能会逐渐萎缩，但也有不少孩子会持续存在扁桃体肥大的情况。不良生活习惯： 长期吸烟、饮酒的人，咽喉部长期受到刺激，也可能增加扁桃体肥大的发生几率。不过对于儿童来说，主要还是以感染等因素为主，而成年人可能不良生活习惯的影响更为突出。