鼻咽癌的发生与多种因素有关。目前认为，EB病毒感染是重要因素之一，约90%以上的鼻咽癌患者血清中可检测到EB病毒抗体，而且在鼻咽癌组织中也能检测到EB病毒的基因组。另外，遗传因素也起到一定作用，有研究显示，鼻咽癌患者中有家族聚集现象，家族中有鼻咽癌患者的人群，其发病风险比普通人群高2~10倍。环境因素也不容忽视，长期接触甲醛、镍等化学物质，或长期食用腌制食品等，都可能增加患鼻咽癌的风险。
一、EB病毒感染相关
EB病毒持续感染： EB病毒是一种疱疹病毒，当人体感染EB病毒后，如果病毒持续在体内存在，就可能引发鼻咽部细胞的异常变化，进而增加患鼻咽癌的几率。比如在鼻咽癌患者的活检组织中，能检测到EB病毒的特定基因序列。人群易感性差异： 虽然很多人都会感染EB病毒，但并不是所有人都会患鼻咽癌，这可能与个体的免疫状态等因素有关。免疫力较弱的人群，感染EB病毒后更难清除病毒，也就更易受其影响引发鼻咽癌。
二、遗传因素影响
家族聚集性体现： 若家族中有直系亲属患有鼻咽癌，那么其他家族成员患鼻咽癌的风险会升高。例如一个家庭中父母一方患有鼻咽癌，其子女患鼻咽癌的概率比无家族史的人要高不少。基因层面关联： 研究发现，某些特定的基因变异与鼻咽癌的易感性相关。比如位于人类白细胞抗原（HLA）区域的一些基因，可能会影响人体对EB病毒等的免疫反应，从而在遗传上增加鼻咽癌的发病风险。
三、环境因素作用
化学物质接触： 长期处于含有甲醛、镍等化学物质的环境中，这些化学物质可能会损伤鼻咽部的细胞DNA，导致细胞发生癌变。像一些在化工厂工作且长期没有做好防护措施的人群，患鼻咽癌的风险相对较高。饮食习惯影响： 长期食用腌制食品，因为腌制食品中含有较多的亚硝酸盐等物质，亚硝酸盐在体内可能会转化为致癌物质，长期刺激鼻咽部黏膜，增加鼻咽癌的发生几率。比如在鼻咽癌高发地区，当地居民有长期食用腌制咸鱼等习惯。