矮小症的成因较为复杂，常见原因包括以下几类。首先是遗传因素，如果父母双方童年时都有明显的矮小情况，那么孩子患矮小症的概率会相对较高，有数据显示约70%的矮小儿童存在遗传方面的相关因素。
生长激素缺乏或分泌不足
垂体问题：垂体是分泌生长激素的重要器官，如果垂体本身出现病变，比如垂体肿瘤等，就可能导致生长激素分泌减少。儿童时期垂体功能异常，会严重影响身高的正常增长。基因缺陷：某些特定的基因发生突变或缺陷，也会造成生长激素分泌不足。例如GH1基因缺陷就可能引起生长激素缺乏性矮小症，这种情况多在儿童早期就会显现出身高增长缓慢的迹象。
先天性甲状腺功能减退
甲状腺发育异常：胎儿在发育过程中甲状腺如果发育不良，就会导致甲状腺激素分泌不足。甲状腺激素对儿童的生长发育至关重要，它能促进骨骼的生长和神经系统的发育，甲状腺激素缺乏会使儿童身高增长迟缓，还可能伴有智力发育落后等表现。母亲孕期因素：母亲在孕期如果碘摄入不足等，也可能影响胎儿甲状腺激素的合成，从而增加孩子出生后患先天性甲状腺功能减退导致矮小的风险。
全身性疾病影响
慢性疾病：像慢性肾病、先天性心脏病等慢性疾病会影响孩子的生长发育。以慢性肾病为例，肾脏功能受损会影响体内多种代谢，包括影响生长激素的代谢和作用，使得孩子身高增长受到限制。营养不良：长期营养不良，尤其是蛋白质、热量摄入不足，会阻碍儿童的生长。比如一些贫困地区的儿童，由于饮食中缺乏足够的营养物质，身高增长往往落后于同龄人，身高可能明显低于正常标准范围。