矮小症的成因较多，常见的有以下几类情况。首先是遗传因素导致，若父母双方身高都偏矮，孩子遗传矮小的概率会增加，据统计，约30%的矮小症患儿是由遗传因素引起。
生长激素缺乏或分泌不足
垂体问题：垂体是分泌生长激素的重要器官，如果垂体本身出现病变，比如垂体肿瘤、垂体发育异常等，就可能导致生长激素分泌减少。垂体肿瘤是比较常见的引发生长激素缺乏的原因之一，它会影响垂体正常的分泌功能。基因缺陷：有些孩子存在特定的基因缺陷，会导致生长激素分泌不足。例如GH1基因缺陷，就可能使得身体不能正常产生足够的生长激素来促进生长发育。
先天性甲状腺功能减退症
甲状腺功能异常：甲状腺分泌的甲状腺激素对生长发育至关重要。如果孩子先天性甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足，就会影响骨骼生长和身体发育，导致身材矮小。这种情况在新生儿筛查中如果能早期发现并及时治疗，预后相对较好，但如果延误治疗，会严重影响身高。母体因素：母亲在孕期如果甲状腺功能异常，比如患有甲状腺炎等疾病，没有得到妥善治疗，也可能影响胎儿甲状腺的发育和功能，导致孩子出生后出现先天性甲状腺功能减退，进而引发矮小症。
慢性疾病影响
营养不良相关：长期营养不良会影响孩子的生长发育。比如孩子饮食中蛋白质、热量、维生素等营养素摄入长期不足，会阻碍骨骼生长和身体各器官的发育。一些贫困地区或者喂养不当的家庭，孩子容易出现因营养不良导致的矮小症。慢性肾病：患有慢性肾病的孩子，身体的代谢功能会受到影响，肾脏不能正常排泄废物和调节体内的电解质平衡等，同时肾脏分泌的促红细胞生成素等物质也会异常，这些都会影响孩子的生长发育，导致身材矮小。而且慢性肾病的治疗过程中使用的一些药物也可能对生长有一定抑制作用。