矮小症的成因较为复杂，主要包括以下几方面情况。首先，遗传因素是常见原因之一，如果父母双方有一方身材矮小，孩子发生矮小症的概率会相对增加。
内分泌疾病导致
生长激素缺乏： 垂体分泌生长激素不足是引发矮小症的重要内分泌原因。正常情况下，生长激素能促进骨骼、肌肉等组织生长发育，若分泌不足，就会影响身体的长高。比如部分孩子垂体本身存在发育异常等情况，使得生长激素分泌量明显低于正常水平。甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对生长发育也至关重要。当孩子甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会导致机体代谢减缓，影响骨骼的生长和发育，从而引发矮小症。患儿除了身材矮小，往往还伴有智力发育迟缓、面色苍白等表现。
染色体异常因素
特纳综合征： 这是一种常见的性染色体异常疾病，主要发生在女孩身上。患者染色体核型异常，会出现身材矮小、第二性征不发育等典型表现。一般女孩在青春期时身高增长明显落后于正常同龄人。先天性卵巢发育不全： 同样属于染色体方面的问题，也会导致女孩出现矮小的症状，同时伴有生殖系统等方面的异常表现。
其他因素影响
营养不良： 长期的营养不良会影响孩子的生长发育。比如孩子在婴幼儿期、儿童期饮食中缺乏足够的蛋白质、维生素、矿物质等营养物质，就会影响骨骼的生长和身体的发育，进而导致身材矮小。像一些贫困地区或者饮食结构不合理的家庭，孩子容易出现这种情况。慢性疾病影响： 某些慢性疾病也会对孩子的生长造成阻碍。例如慢性肾病、先天性心脏病等，这些疾病会使孩子身体处于慢性消耗状态，影响营养的吸收和利用，从而影响身高的增长。孩子可能会伴有原发疾病相关的症状，如肾病患儿可能有水肿、蛋白尿等表现。