矮小症的成因较为复杂，主要有以下几类情况。首先是遗传因素导致，若父母双方身高都偏矮，孩子遗传矮小的概率会增加，据统计，约30%的矮小症患儿是由遗传因素引起。
一、内分泌因素
生长激素缺乏或分泌不足： 生长激素是促进人体生长的重要激素，垂体是分泌生长激素的主要器官。如果垂体分泌生长激素的功能出现问题，就会导致生长激素缺乏，从而影响身高增长。例如，垂体发育异常等情况可能引发这种问题。甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对生长发育也起着关键作用。当甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响机体的新陈代谢和生长发育过程，导致生长迟缓，出现矮小症表现。一般在新生儿期通过筛查可以早期发现甲状腺功能减退的情况。
二、疾病因素
慢性疾病： 一些慢性疾病也会影响身高，比如先天性心脏病、慢性肾病等。以慢性肾病为例，肾脏功能受损会影响体内多种代谢物质的平衡，还可能导致内分泌紊乱，进而阻碍孩子的生长。这类孩子除了身高矮小外，往往还会伴有原发病的相关症状，如肾病患儿可能有水肿、蛋白尿等表现。骨骼疾病： 骨骼发育异常也会引起矮小症。像软骨发育不全，这是一种先天性的骨骼发育障碍性疾病，主要是软骨内骨化过程出现缺陷，导致长骨生长受阻，患儿表现为四肢短小，身材矮小，但智力一般正常。
三、营养和生活方式因素
营养不良： 长期营养不良会影响身高增长。如果孩子在成长过程中，蛋白质、能量、维生素及矿物质等营养物质摄入不足，就无法为身体的生长发育提供充足的物质基础。例如，饮食中缺乏富含蛋白质的肉类、蛋类，缺乏维生素的蔬菜水果等，都可能导致矮小症。睡眠不足： 生长激素在夜间睡眠时分泌旺盛，尤其是深度睡眠时分泌量更多。如果孩子长期睡眠不足，会影响生长激素的正常分泌，进而影响身高。一般建议儿童每天保证充足的睡眠时间，学龄前儿童通常需要10~13小时，学龄儿童需要9~11小时。