打完新冠疫苗后发烧39度，可能是疫苗不良反应，也可能是其他疾病导致。接种者需明确病因，在医生指导下进行针对性处理。
一、不良反应：接种新冠疫苗后，因疫苗刺激人体免疫应答产生抗体，这期间部分人可能出现不良反应，像发热、乏力、腹泻等。多数人发热通常不超38.5度，但少数人会有高热表现，若出现发烧39度的情况，属于疫苗严重不良反应，需尽快就诊。接种者可在医生指导下使用退热药物，同时配合物理降温，如温水或酒精擦浴等，还要注意休息、多喝水，以促进身体恢复。一般这种发热不会超过3天，退烧后也通常不会伴有其他不适症状。
二、其他疾病：有些人可能在接种新冠疫苗前已处于感染性疾病潜伏期，或在接种后出现感染，如急性上呼吸道感染、急性胃肠炎等，从而导致打完新冠疫苗发烧39度，因恰好发生在注射新冠疫苗后，可能被误认为是疫苗引起。除高热外还可能伴有其他不适，且部分症状与疫苗不良反应相似，如腹泻、咳嗽、咳痰等。此时接种者需要到医院就诊，进行血常规、胸片、C-反应蛋白等检查以明确病因，并及时进行针对性治疗，以免延误病情。
总之，出现这种情况不论何种原因，都建议接种者及时到医院就诊检查，明确原因后给予系统治疗，以免病情加重。