睡觉起来两个肩膀疼可能由多种原因引起。比如，睡觉时肩膀长时间受压，可能导致局部血液循环不畅，一般这种情况通过适当活动、按摩等，短时间内就能缓解。
肌肉劳损导致
睡眠姿势不当： 如果睡觉时长期保持不良姿势，像肩膀过度弯曲或扭转，就容易引起肩部肌肉劳损。比如有些人习惯趴着睡，这会使肩部肌肉一直处于紧张状态，醒来后就可能出现肩膀疼的情况。一般这种因姿势不当导致的肌肉劳损，通过调整睡姿并适当休息能慢慢改善。肩周肌肉慢性劳损： 平时长期从事肩部活动较多的工作，比如经常搬抬重物等，肩周肌肉已经存在慢性劳损，睡觉时即使姿势正常，也可能在晨起时出现肩膀疼的现象。这类人群可能需要通过热敷、按摩等方式来缓解疼痛。
颈椎病引发
颈椎病变压迫神经： 患有颈椎病的人，颈椎的病变可能会压迫支配肩部的神经。当睡觉时颈部的姿势不合适，比如枕头高度不合适等，会加重神经压迫，从而导致肩膀疼痛。一般颈椎病引发的肩膀疼，可能还会伴有颈部的不适、上肢麻木等症状。患者可以通过调整枕头高度，避免颈部过度疲劳来缓解，但如果疼痛持续不缓解，需要及时就医。颈椎间盘退变： 随着年龄增长，颈椎间盘会发生退变，这也是引发颈椎病导致肩膀疼的常见原因。40岁以上人群相对更容易出现这种情况，退变的颈椎间盘会对周围组织包括神经等产生影响，进而出现肩膀疼痛等症状。
肩部疾病导致
肩周炎： 肩周炎患者在晨起时也常出现肩膀疼的情况，而且活动会受限。肩周炎多见于50岁左右的人群，又称为“五十肩”。一般肩周炎引起的肩膀疼，在活动肩关节时疼痛会加重。患者可以在医生指导下进行适当的肩部功能锻炼，但要注意锻炼的强度和方式。肩袖损伤： 肩袖是肩关节周围的肌肉肌腱组织，肩袖损伤后睡觉起来也可能出现肩膀疼。如果是轻度的肩袖损伤，可能通过休息、理疗等缓解；但如果损伤较重，可能需要进一步的治疗，如手术等。