肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。肛腺开口于肛窦，当肛窦受损伤（比如腹泻时粪便刺激等）发生炎症，就会累及肛腺，导致肛腺感染，感染蔓延至肛周间隙就形成肛周脓肿。
肛窦损伤相关因素
粪便刺激： 长期便秘或腹泻时，干结的粪便或稀便容易擦伤肛窦，使细菌容易侵入肛窦引发感染。据统计，有腹泻病史的人群发生肛周脓肿的风险相对较高。比如一些频繁腹泻的患者，肠道内细菌容易反复刺激肛窦，增加肛腺感染进而引发肛周脓肿的几率。异物损伤： 如进食尖锐的骨头、鱼刺等，可能会直接划伤肛窦，为细菌入侵打开通道，从而导致肛腺感染，最终引发肛周脓肿。
全身性疾病影响
糖尿病： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，白细胞的吞噬功能受限，容易受到细菌感染。而且高血糖环境有利于细菌生长繁殖，使得肛周感染后难以控制，容易发展为肛周脓肿。有研究表明，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。白血病： 白血病患者本身的造血系统异常，化疗等治疗手段又会进一步抑制免疫系统，导致机体抵御细菌感染的能力大幅降低。患者容易发生各种部位的感染，肛周也不例外，很容易出现肛腺感染并发展成肛周脓肿。
肛周局部因素
肛周皮肤感染： 肛周皮肤如果发生疖、痈等感染性病变，细菌可蔓延至肛腺周围，引起肛腺感染，进而引发肛周脓肿。比如肛周皮肤长了小疖肿，若不及时处理，细菌可能扩散到深部组织，导致肛周脓肿形成。肛门外伤： 肛门受到外伤，如器械检查、分娩时的会阴损伤等，会使局部组织受损，细菌容易侵入肛窦，引发肛腺感染，最终导致肛周脓肿。例如，一些接受过肛门直肠手术的患者，若术后护理不当，也可能因局部感染累及肛腺而出现肛周脓肿。