肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。比如肛腺开口于直肠肛管交界处的肛窦处，若肛窦因粪便等异物感染发炎，就可能累及肛腺，引发肛腺炎，炎症蔓延就易形成肛周脓肿。
一、肛腺感染相关原因
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙的粪便等容易损伤肛窦，让细菌容易侵入。据统计，约85%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况。比如长期便秘的人，大便干结粗硬，通过肛门时很容易擦伤肛窦。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体能起到润滑肛管的作用，但如果肛窦发炎肿胀，就可能导致肛腺导管阻塞，使得肛腺分泌的液体无法正常排出，细菌在腺体内繁殖，进而引发感染，逐渐形成脓肿。
二、其他感染扩散因素
直肠炎波及： 直肠发生炎症时，炎症可能蔓延至肛周组织。比如溃疡性直肠炎患者，肠道炎症持续存在，炎症因子可能扩散到肛周，引起肛周组织感染形成脓肿。肛管直肠损伤： 外力导致肛管直肠损伤，比如肛门指检时操作不当、异物损伤等，细菌就容易从损伤处进入肛周组织引发感染。有研究发现，约10%的肛周脓肿患者有肛管直肠损伤病史。
三、全身性疾病影响
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易受到细菌感染。高血糖环境有利于细菌生长繁殖，所以糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 5倍。例如，一位糖尿病患者血糖长期控制在15mmol/L以上，就比血糖控制在7mmol/L左右的人更容易出现肛周脓肿。免疫功能低下者： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，自身免疫功能受到影响，对细菌的抵抗力减弱，容易发生各种感染，包括肛周脓肿。这类人群一旦感染细菌，就更容易发展成肛周脓肿。