小儿黄疸通常是由于胆红素代谢异常，导致血液中胆红素浓度升高引起的。新生儿中，约60%的足月儿和80%的早产儿在出生后会出现生理性黄疸，一般在出生后2~3天出现，4~5天达到高峰，7~10天消退。
胆红素生成过多
红细胞破坏过多： 新生儿红细胞寿命相对较短，约70~100天，比成人短，所以容易被破坏，产生更多胆红素。比如正常成人红细胞寿命约120天，新生儿红细胞更新快，破坏后产生胆红素增多。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶含量比成人高，这种酶能将血红素转化为胆红素，使得胆红素生成量增加。
肝脏胆红素代谢障碍
摄取胆红素能力不足： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，这两种蛋白是负责摄取胆红素的，所以摄取胆红素的能力较弱。一般要到出生后5~10天才逐渐达到成人水平。结合胆红素能力差： 肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UGT）活性不足，该酶能将未结合胆红素转化为结合胆红素，所以结合胆红素的能力有限，导致未结合胆红素在体内堆积。这种酶要到出生后1周左右才逐渐成熟。
胆汁排泄障碍
胆道阻塞： 如先天性胆道闭锁，会使胆汁排出受阻，结合胆红素不能正常排泄到肠道，从而反流入血，引起黄疸。这种情况需要及时手术治疗。新生儿肝炎： 新生儿感染病毒等原因引发肝炎，导致肝细胞功能受损，胆汁排泄不畅，进而出现黄疸。常见的病毒有乙肝病毒、巨细胞病毒等。