功能性子宫出血通常是由内分泌失调引起的，比如下丘脑-垂体-卵巢轴的功能出现紊乱，大约有70%的患者属于无排卵性功血。
内分泌失调因素
下丘脑-垂体功能异常： 下丘脑是调节内分泌的重要中枢，如果它分泌的促性腺激素释放激素出现紊乱，就可能影响垂体分泌促性腺激素，进而干扰卵巢的排卵功能，导致子宫内膜不规则脱落或增生，引发功能性子宫出血。比如长期精神紧张、压力过大的女性，就容易出现下丘脑功能紊乱。卵巢功能失调： 卵巢如果不能正常排卵，就会使雌激素分泌失衡。雌激素持续刺激子宫内膜，让内膜不断增生，但没有孕激素的拮抗，内膜就会突然脱落出血。像青春期女性由于卵巢功能还未完全成熟，围绝经期女性卵巢功能逐渐衰退，都容易出现卵巢功能失调导致的功能性子宫出血。
全身性疾病影响
血液系统疾病： 某些血液系统疾病会影响凝血功能，从而导致功能性子宫出血。例如血小板减少性紫癜，患者体内血小板数量减少或功能异常，凝血时间延长，就容易出现子宫异常出血的情况。还有再生障碍性贫血，会影响骨髓造血功能，导致血小板生成减少，也可能引发功能性子宫出血。甲状腺疾病： 甲状腺功能亢进或减退都会影响内分泌系统，进而影响月经周期。甲状腺激素分泌异常会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，导致功能性子宫出血。比如甲状腺功能亢进的患者，可能会出现月经稀发、月经量减少，也可能出现功能性子宫出血的情况。
子宫内膜局部因素
子宫内膜息肉： 子宫内膜上长了息肉，会影响子宫的收缩和内膜的正常修复。息肉会使子宫内膜面积相对增大，导致血管破裂出血，从而引发功能性子宫出血。而且子宫内膜息肉有一定的复发率，即使做了手术，也可能再次生长导致出血复发。子宫内膜癌前病变： 如子宫内膜不典型增生，内膜细胞出现异常增生，会导致子宫内膜不规则脱落，引起子宫出血。这种情况多发生在围绝经期和绝经后女性身上，而且如果不及时治疗，有发展为子宫内膜癌的风险。