食管反流通常是多种因素共同作用导致的。比如下食管括约肌功能障碍是常见原因之一，正常情况下下食管括约肌能阻止胃内容物反流至食管，当它压力降低时，就容易引发反流。一般来说，约有10% - 20%的人群存在下食管括约肌功能异常的情况。
食管结构与功能因素
下食管括约肌结构异常： 下食管括约肌是食管末端环形的肌肉，若其本身发育不良等，就会使抗反流的屏障作用减弱。比如先天性的下食管括约肌结构缺陷，就容易让胃内容物反流进入食管。下食管括约肌功能失调： 一些因素会影响下食管括约肌的正常收缩和舒张功能。比如某些激素变化，像妊娠期间激素水平改变，可能会导致下食管括约肌松弛，从而引发食管反流。
食管外因素影响
饮食方面： 过多食用高脂肪、巧克力、咖啡等食物，会降低下食管括约肌压力，促使反流发生。例如，长期每天摄入大量高脂肪食物的人群，食管反流的发生率会比正常饮食人群高。另外，进食过饱，胃内压力增加，也容易导致胃内容物反流至食管。生活方式： 肥胖人群腹部压力较高，容易促使胃内容物反流。有研究发现，体重指数（BMI）超过25的肥胖者，食管反流的患病率明显高于BMI正常人群。还有，长期吸烟的人，烟草中的尼古丁等成分会影响下食管括约肌功能，增加食管反流的风险。
疾病相关因素
胃部疾病： 如胃溃疡、十二指肠溃疡等胃部疾病，会影响胃的正常排空功能，导致胃内压力升高，进而引发食管反流。比如患有胃溃疡的病人，约有30% - 50%可能会出现食管反流的症状。另外，胃排空延迟的患者，食物在胃内停留时间长，也容易反流至食管。食管本身疾病： 如食管狭窄、食管裂孔疝等疾病也与食管反流相关。食管裂孔疝是指部分胃通过膈肌的食管裂孔进入胸腔，这会破坏正常的抗反流结构，导致食管反流发生，约有60% - 80%的食管裂孔疝患者会有食管反流症状。