北芪和黄芪没有本质区别，北芪是黄芪的一种，主要产于东北地区，所以被称为北芪，而黄芪是泛指所有产地的黄芪。
来源与产地方面
黄芪为豆科植物蒙古黄芪或膜荚黄芪的干燥根。其中蒙古黄芪主产于山西、内蒙古等地，膜荚黄芪主产于黑龙江、辽宁、河北等地。北芪主要是指内蒙古、山西等地产出的黄芪，因东北地区在古代属于北方，所以将东北地区产出的黄芪称为北芪，从来源和植物基原来说，北芪属于黄芪的范畴。
化学成分与药理作用方面
两者含有的化学成分基本一致，都含有黄芪多糖、黄酮类、皂苷类等成分。在药理作用上也相似，都具有增强机体免疫功能、抗疲劳、延缓衰老、保护心血管系统等作用。例如研究表明黄芪多糖能通过多种途径调节机体免疫细胞的功能，增强机体的抗病能力；其黄酮类成分具有抗氧化、改善心血管循环等作用。
性味与功效方面
性味均为甘、微温，归肺、脾经。功效上都具有补气升阳、益卫固表、利水消肿、生津养血、行滞通痹、托毒排脓、敛疮生肌等。比如在治疗脾气虚所致的倦怠乏力、食少便溏时，无论是北芪还是普通黄芪都可发挥补气健脾的作用；在表虚自汗时，都能起到益卫固表止汗的功效。
特殊人群方面，孕妇使用时需谨慎，因为黄芪有一定的补气升提作用，孕妇过量使用可能会对妊娠产生一定影响，应在医生指导下根据个体情况权衡利弊使用；对于儿童，一般不建议自行盲目使用黄芪相关制品来进补，若有需要应在医生辨证指导下，根据儿童的具体体质等情况谨慎应用，因为儿童处于生长发育阶段，机体功能尚未完全成熟，药物的使用需要更精准的把控。